Wenn man von Windows 2000 oder Windows XP wieder auf Windows 98 zurück möchte, dann gibt es in der Regel ein Problem. Zumeist benutzen die Betriebssysteme Windows 2000 und Windows XP das Dateisystem NTFS. Windows 98 läuft jedoch auf den Dateisystemen FAT16 oder FAT32.
Möchte man nun eine bestehende Windows 2000 oder Windows XP – Installation völlig löschen und die Festplatte dann mit FAT32 für Windows 98 formatieren, dann geht dass zum Beispiel mit fdisk (auf den Startdisketten oder auf der CD-ROM von Windows 98 zu finden). Weitere Möglichkeiten sind andere Partitionierungsprogramme, wie Partition Magic. Mit diesen Programmen kann man NTFS-Laufwerke oder Partitionen löschen und dann mit FAT32 neu erstellen.
Es geht jedoch auch mit den Windows 2000 oder Windows XP CDs. Hiermit bootet man den Computer und wählt bei der Abfrage dann Reparieren und anschließend die Wiederherstellungskonsole aus. In der Wiederherstellungskonsole gibt man dann folgenden Befehl ein:
format C: /fs:fat32
Das C: steht in diesem Beispiel für die Systempartition, auf der Windows 2000 oder Windows XP installiert ist und die ja neu formatiert werden soll.
Bei größeren Festplatten kann es durchaus vorkommen, dass sich die erste Partition nur mit 32 Gigabyte formatieren läst. Auch sollte man daran denken, dass Windows 98 eine primäre Partition benötigt, um davon starten zu können.